AtomEye je atomistický vizualizační software dostatečně rychle, aby zvládl výstup simulací molekulární dynamiky s miliony atomů.Zahrnuje rovnoběžné a perspektivní projekce s plnou trojrozměrnou navigací, přizpůsobitelný výpočet vazeb a koordinačních čísel, barevné kódování libovolných uživatelem definovaných veličin, lokální atomový kmen invariant, barevné obklady a trasování atomů, až 16 řezných rovin, periodické okrajové podmínkypřeklady, snímky JPEG, PNG a EPS a skriptování animací ....