BioBlender je softwarový balíček postavený na open-source 3D modelovacím softwaru.Biologie pracuje v nanoměřítku, s objekty neviditelnými pro lidské oko.S BioBlender je možné ukázat některé postavy, které obývají naše buňky, na základě vědeckých dat a nejvyššího standardu 3D manipulace.Vědci z celého světa studují proteiny na atomové úrovni a ukládají informace do veřejného úložiště Protein Data Bank, kde je každá molekula popsána jako seznam jejích atomů a jejich 3D souřadnic .... S BioBlender mohou uživatelé manipulovat s proteiny ve 3D prostoru, zobrazování jejich povrchu fotorealistickým způsobem a zpracování proteinových pohybů na základě známých konformací.Soubory PDB lze načíst z uživatelsky definovaného adresáře nebo stáhnout přímo z webu PDB (vložením kódu PDB).Protein je zobrazen ve 3D (jako atom nebo molekulární povrch) a uživatel si může spočítat a vizualizovat jeho povrchové vlastnosti, molekulární lipofilní potenciál a elektrostatický potenciál.Pro pohyb bílkovin vypočítává BioBlender meziprodukty mezi dvěma konformacemi pomocí Blender Game Engine.Program poskytuje jako výstup jak prostřední soubory PDB, tak vykreslené obrázky jako film.BioBlender je implementace Blenderu, open source, volně distribuovaného, ​​multiplatformního, interoperabilního a podporovaného programu 3D animace, vizuálních efektů a videoher.Kombinace 3D počítačové grafiky, herního enginu a vědeckých programů činí z BioBlenderu kompletní nástroj pro zpracování pohybu proteinů a zobrazení jejich povrchových vlastností pomocí vizuálního kódu založeného na texturách a speciálních efektech částic.Tímto způsobem je možné ukázat fyzikální a chemické vlastnosti molekuly v pohybu.BioBlender je výsledkem spolupráce vedené skupinou SciVis v CNR v Pise (Itálie) mezi vědci různých vědních oborů (biologie, chemie, fyzika, počítačové vědy) a