Mark Ninja se skládá z 2D orientace na stealth.Od postavy se požaduje, aby se proplížila řadou prostředí a přitom zůstávala mimo dohled stráží a prováděla tiché zastavení šíření.Úrovně jsou rozděleny do oblastí světla a tmy;postava hráče je neviditelná, zatímco ve druhém.Zvuky, jako je běh, mohou také rozdávat polohu postavy hráče a jsou vizuálně reprezentovány rychle se rozšiřujícím kruhem.Nezvyklé pro plošináře, Mark of Ninja zaměstnává linii zrakového mechanika, což znamená, že nepřátelé, kteří by byli pro postavu neviditelní, jsou pro hráče také neviditelní, i když jejich zvuky jsou na obrazovce zobrazovány stejným způsobem jako hráčova postava... Přiblížením se k nepřátelům, kteří nejsou detekováni, je postava hráče schopna provést jednorázové zabití.Aby to bylo usnadněno, může hráč uhasit zdroje světla, schovat se za předměty a procházet úzkými mřížkami a šachtami nepřístupnými nepřátelům.Pokud budou odhaleni, musí se vyhnout nepřátelům a zůstat na dohled po stanovenou dobu, po které se nepřátelé vrátí na své původní pozice a jednorázové popravy budou znovu možné.Nepřátelé reagují na své okolí a jeden na druhého;zazní poplach, pokud zjistí postavu hráče nebo najdou tělo, které upozorní všechny nepřátele v této oblasti.Pokud uslyší zvuk nebo se podívá na postavu hráče, stane se podezřelým, zobrazí na hlavě otazník a aktivně hledá postavu hráče.Plot: Příběh hry začíná útokem ozbrojené síly na základně ninja.Nejmenovaná hlavní postava, která vyšla po přijetí tetování, je probuzena ženskou ninja jménem Ora.Shromážděním svého vybavení je ninja schopen porazit vojáky a zachránit svého pána, Azaiho, spolu se svými dalšími společníky.Azai mu řekne o síle jeho tetování a legendě kolem něj, vysvětluje, jak inkoust pochází ze speciální pouštní květiny, která poskytuje zvláštní dovednosti, ale za cenu ...