Prototyp 1: Hra se odehrává v New Yorku, kde se na Manhattanu šíří virulentní mor známý jako Blacklight.Infikovaní jsou zmutováni do příšerných příšer různé formy, s nekontrolovatelnou touhou zabíjet všechny neinfikované formy života.Ve středu je protagonista Alex Mercer, neuvěřitelně silný shapeshifter bez vzpomínky na jeho minulost.Paralelně s dějem hry je možnost hrát hru jako videohra ve stylu karantény, která dává hráči svobodu potulovat se na Manhattanu.Prototype je akční adventura otevřeného světa videohra vyvinutá společností Radical Entertainment a publikovaná společností Activision.Hra byla vydána v Severní Americe 9. června 2009 a v jihozápadních částech Severní Ameriky a Oceánie 10. června a byla vydána v Evropě 12. června .... Plot Hra následuje Alex J. Mercer, který se probudív márnici v suterénu Gentek, společnosti pro genetické inženýrství se sídlem na Manhattanu, která vyslala pár vědců, kteří se právě chystali provést pitevní běh.Alex uteče a je svědkem toho, že vědci jsou zastřeleni vojenskými agenty.Alex je objeven a napaden ... Prototyp 2: Ve hře se objevuje nový protagonista James Heller, když se vydává za úkol zničit virus Blacklight.Příběh je také pomstou, protože Heller chce zabít Alexe Mercera, protagonisty původního prototypu poté, co byla jeho rodina zabita při vypuknutí viru Blacklight.Plot 14 měsíců po Prototype, Manhattan byl znovu v karanténě, kvůli druhému ohnisku, jeden mnohem horší než ten první, a blokován od ostatních čtvrtí New Yorku, který byl přejmenován na New York Zero (NYZ).Městské části v New Yorku byly rozděleny do tří zón: červená, žlutá a zelená zóna.Každá oblast je zkratkou toho, jaký vliv má na New York City virus Blacklight.Většina čtvrtí New Yorku Nula byla infikována.James Heller bude mít mise v každé zóně a obtížnost každé mise bude záviset na tom, v jaké zóně je