VMD je schopen pracovat s velmi velkými strukturami až po hranice dostupné paměti.64bitové verze VMD umožňují načítání velkých a dlouhodobých simulačních trajektorií do fyzické paměti a přizpůsobení velkých objemových datových sad.Simulace kapsidu HIV s 64 miliony atomů popsaná v vydání časopisu Nature z 30. května 2013 je prvotřídním příkladem toho, co lze s VMD udělat na vhodně vybavené grafické pracovní stanici.Model HIV-1 byl připraven pro simulaci pomocí nástrojů pro vytváření struktury a skriptovací funkce VMD byly později použity pro analýzu trajektorie.Celoatomová struktura kapsidu HIV-1, znázorněná na krytu Nature, byla vykreslena uvnitř VMD pomocí interního motoru pro trasování paprsků Tachyon, a poté byla složena s uměleckou reprezentací virové obálky a textu Cover Cover....