Cytoscape je softwarová platforma s otevřeným zdrojovým kódem pro vizualizaci složitých sítí a jejich integraci s jakýmkoli typem dat atributů.Mnoho doplňků je k dispozici pro různé druhy problémových domén, včetně bioinformatiky, analýzy sociálních sítí a sémantického webu.Cytoscape podporuje mnoho případů použití v molekulární a systémové biologii, genomice a proteomice: Načtěte soubory dat o molekulární a genetické interakci v mnoha formátech Projděte a integrujte globální datové sady a funkční anotace. Vytvořte výkonné vizuální mapování napříč těmito daty. Proveďte pokročilé analýzy a modelování pomocí modulů Cytoscape.a analyzovat datové sady o trase člověka, jako je Reactome nebo KEGG.